首先要确定合同签订的地点是否明确、唯一。如果合同签订地仅注明深圳，申请金额属基层法院管辖，对方提出管辖异议后，需要证明深圳某区法院有管辖权。不能证明的，约定的管辖条款无效，根据合同性质设立管辖法院。你这个问题没有提到合同的性质，被告反对管辖的理由应该是关于被告所在地管辖的法定情形之一。
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